Einkunnarorð skólans eru: Þekking - Þjálfun - Þroski

Markmið
Markmið Flensborgarskólans er:

• Að búa nemendur sem best undir frekara nám og starf.
• Að auka tengsl við önnur skólastig til að skapa meiri samfellu í allt nám.
• Að halda starfseminni innan fjárheimilda.
• Að leiðbeina nemendum við að tileinka sér öguð vinnubrögð.
• Að nemendur skólans ljúki skilgreindu námi.
• Að skólinn sé eftirsóttur vinnustaður fyrir nemendur og starfsfólk.
• Að vera í fremstu röð í stærðfræði og raungreinum.
• Að koma á möguleika til fjarnáms.
• Að auka frumkvæði í kennslu.
• Að gera þriggja ára nám til stúdentsprófs að raunhæfum möguleika.
• Að nýta gæðastjórnun við kennslu og nám.
• Að tryggja ráðgjöf fyrir nemendur á sviði náms, í félagslegum efnum og hvað varðar forvarnir.
• Að byggja upp þannig að stæður að nemendur geti verið öruggir með sjálfa sig og eigur sínar í skólanum.
• Að tryggja öryggi gagna og búnaðar, skólans, nemenda og starfsmanna.

Gildi
Í Flensborgarskólanum er:

• Í boði persónuleg þjónusta þar sem áhersla er á að mæta nemandanum á hans forsendum.
• Svigrúm til breytinga, úrbóta og þróunarstarfs með þátttöku nemenda og starfsfólks.
• Gefið tækifæri til þess að nemendur alist upp við lýðræði og skapandi hugsun.
• Lögð áhersla á að stuðla að fjölbreyttu og heilbrigðu félagslífi.
• Litið á alla einstaklinga sem jafnréttháa.
• Unnið að því að skapa öruggt, jákvætt og hvetjandi námsumhverfi.

Ætlunarverk
Í Flensborgarskólanum viljum við:

• Auka frumkvæði og nýjungar í kennslu allra námsbrauta.
• Bjóða fjölþætt framhaldsnám sem hentar breiðum hópi nemenda.
• Veita nemendum á almennri námsbraut og sérdeild þá valkosti sem bestir teljast. 
• Vera leiðandi í notkun upplýsinga- og tölvutækni á öllum sviðum námsins.
• Vera leiðandi í uppbyggingu og notkun upplýsinga- og tölvutækni á öllum sviðum í starfseminni.
• Vera vel búinn tækjum til framleiðslu og dreifingar á útvarps- og sjónvarpsefni í tengslum við nám og félagsstörf.
• Stuðla að alhliða þroska nemenda og búa þá undir störf og frekara nám.