Í Flensborgarskólanum starfar sjálfsmatshópur undir stjórn Erlu Ragnarsdóttur, skólameistara. Auk hennar sitja í nefndinni Júlía Jörgensen, aðstoðarskólameistari, Unnar Örn Þorsteinsson, enskukennari og Árni Stefán Guðjónsson, áfangastjóri. Tilgangur sjálfsmatsins er að leita leiða til að vita hvernig unnið er í skólanum, greina það sem vel er gert og tryggja framhald þess og þróun. Einnig er tilgangurinn að finna það sem betur má fara og leita úrbóta. Þetta er gert samkvæmt lögum um framhaldsskóla, en í þeim segir að allir skólar eigi að innleiða aðferðir til sjálfsmats sem eigi að ná til allra þátta skólastarfsins. Megintilgangur matsins er að leggja grunn að sívirku umbótastarfi sem á að bæta námsumhverfi, líðan og árangur nemenda, kennara og annarra starfsmanna skólans.
Sjálfsmatshópur hefur starfað við skólann frá hausti 1998. Í honum hafa setið m.a. fulltrúar kennara, nemenda og annarra starfsmanna auk stjórnenda skólans.
Matstafla 2024 - 2025
Sjálfsmatsskýrslur
Sjálfsmatsskýrsla 2022-2023
Sjálfsmatsskýrsla 2021-2022
Sjálfsmatsskýrsla 2020-2021
Sjálfsmatsskýrsla 2019-2020
Sjálfsmatsskýrsla 2018-2019
Sjálfsmatsskýrsla 2017-2018
Sjálfsmatsskýrsla 2016-2017
Sjálfsmatsskýrsla 2015-2016
Sjálfsmatsskýrsla 2014-2015
Sjálfsmatsskýrsla 2013-2014
Sjálfsmatsskýrsla 2012-2013
Sjálfsmatsskýrsla 2011-2012
Sjálfsmatsskýrsla 2010-2011
Sjálfsmatsskýrsla 2009-2010
Sjálfsmatsskýrsla 2008-2009
Sjálfsmatsskýrsla 2007-2008
Sjálfsmatsskýrsla 2006-2007
Sjálfsmatsskýrsla 2005-2006
Sjálfsmatsskýrsla 2004-2005