Í Flensborgarskólanum starfar sjálfsmatshópur undir stjórn Erlu Ragnarsdóttur, skólameistara. Auk hennar sitja í nefndinni Júlía Jörgensen, aðstoðarskólameistari, Unnar Örn Þorsteinsson, enskukennari, Ásbjörn Friðriksson, stærðfræðikennari, Anný Gréta Þorgeirsdóttir, jarðfræði- og umhverfisfræðikennari og Árni Stefán Guðjónsson, áfangastjóri. Tilgangur sjálfsmatsins er að leita leiða til að vita hvernig unnið er í skólanum, greina það sem vel er gert og tryggja framhald þess og þróun. Einnig er tilgangurinn að finna það sem betur má fara og leita úrbóta. Þetta er gert samkvæmt lögum um framhaldsskóla, en í þeim segir að allir skólar eigi að innleiða aðferðir til sjálfsmats sem eigi að ná til allra þátta skólastarfsins. Megintilgangur matsins er að leggja grunn að sívirku umbótastarfi sem á að bæta námsumhverfi, líðan og árangur nemenda, kennara og annarra starfsmanna skólans.
Sjálfsmatshópur hefur starfað við skólann frá hausti 1998. Í honum hafa setið m.a. fulltrúar kennara, nemenda og annarra starfsmanna auk stjórnenda skólans.